Il territorio di Busto Arsizio è al limite settentrionale della pianura Padana, nella zona alluvionale dell’alta pianura, a sud delle Prealpi Varesine. È situato nella zona interessata dai pianalti morenici della Valle Olona.

La collocazione del primo insediamento non è casuale: si trovava infatti su un percorso alternativo alla strada del Sempione, detto “strada di Milano”, che metteva in comunicazione Milano con il Lago Maggiore.

La casa comunale è situata a 228,18 metri sul livello del mare, come indicato su una facciata del Municipio. Le quote dei punti più basso e più alto sono rispettivamente 194 e 244 m s.l.m., per un dislivello di 50 metri.

Il terreno del territorio di Busto Arsizio è costituito da materiali staccatisi dalle Alpi a causa delle glaciazioni. Si tratta principalmente di ciottoli, ghiaia, sabbia e argilla. Un tempo era coperto da uno sottile strato di humus poco adatto alla crescita di boschi e successivamente alla coltivazione agricola, così da essere in gran parte brughiera, nome che indica quel paesaggio nel quale domina una vegetazione che riesce a svilupparsi in un ambiente arido (il brugo, l’erica, il rovo e la robinia).

Infatti, a causa della presenza di strati argillosi, il terreno fatica ad assorbire e trattenere l’acqua piovana, che cade abbondante in questa zona.

La falda acquifera sotterranea si trova a parecchi metri di profondità: la sua soggiacenza media è di circa 35 m. Nel territorio di Busto Arsizio sono presenti numerosi pozzi, interconnessi tra loro.

Sotto il livello stradale scorrono anche due torrenti, il Tenore e il Rile, un suo affluente.